A Gyerekrák Alapítvány ügyében a rendőrség hűtlen kezelés miatt indított nyomozást két éve, ismeretlen tettes ellen. A vizsgálat lezárásának határideje március 20, de az szükség szerint meg is hosszabbítható.
2014 januárjában, az index.hu videója nyomán indított eljárást a BRFK korrupció és gazdasági bűnözés elleni főosztálya. A Magyar Idők című lap szerint a rendőrök jelenleg az alapítvány mentőautójának használatát ellenőrzik. A közfelháborodást kiváltó index-videón az volt látható, hogy Baloghot budai házából az alapítványi mentőautó fuvarozza az alapítvány belvárosi székhelyére. Az alapítvány vezetője természetesen cáfolta, hogy magáncélra használná az egyszázalékos és más adományokból vásárolt Mercedes-Benz mikrobuszt.
Az index.hu szerint korábban a Fővárosi Főügyészség folytatott közérdekvédelmi eljárást a Gyerekrák Alapítvány gazdálkodásával kapcsolatosan. Akkor az derült ki, hogy az alapítványi pénzek felhasználásáról Balogh döntött az alapítvány kuratóriuma helyett.