André Hajdu Budapesten született 1932. március 5-én és gyermekfejjel a budapesti gettóban élte át a vészkorszakot.
A világháború után visszatért az iskolapadba, majd a Zeneakadémián folytatta felsőfokú tanulmányait Kurtág György és Ligeti György társaságában Szervánszky Endre, Szabó Ferenc és Kodály Zoltán tanítványaként.
Kodály javaslatára és útmutatásával évekig gyűjtötte és tanulmányozta a cigány népzenét, majd 1955-ben a varsói Világifjúsági Találkozón Cigány kantáta című művével első helyezést ért el.
Egy évvel később, a forradalom után elhagyta Magyarországot, és a francia fővárosban telepedett le, ahol a párizsi konzervatóriumban tanult tovább. A hatvanas évek elejétől a vallásos zsidó életmódot választotta, majd 1966-ban Izraelbe költözött, Jeruzsálemben telepedett le.
A klezmer és a zsidó haszid zenét is tanulmányozta, pedagógusként pedig zongorát és zeneszerzést tanított. 1967-től a tel-avivi zeneakadémián oktatott, majd 1970-től a Bar Ilán Egyetemen, ahol a zenetudományi tanszék vezetője lett, majd megalapította a zeneszerzés tanszéket is. Egykori tanítványai ma vezető szerepet játszanak Izrael zenei életében.
Egyetemi oktatói feladatai mellett a különlegesen tehetséges gyerekek jeruzsálemi középiskolájában is tanított, velük közösen zenekart is alapított, amely hatalmas sikert aratott a Jeruzsálem Fesztiválokon.
Munkásságáért 1997-ben elnyerte Izrael legrangosabb kitüntetését, az Izrael-díjat. Hajdunak hat fia született, akiknek apjukkal való különleges kapcsolatáról dokumentumfilm is készült három évvel ezelőtt.