Az embereknek más kapcsolatuk van a valláshoz, mint a legtöbb népnek – jóval toleránsabbak, sőt, szinte tiszteletteljesek egymás hitével szemben. Ennek egyrészt az lehet az oka, hogy a két legelterjedtebb vallás, a shinto és a buddhizmus nyugodtan megélt egymás mellett, sőt, egy kicsit még össze is olvadt, másrészt Japán az egyike azon kevés országoknak, ami nem esett áldozatul az erőszakos keresztény hódításoknak (ennek ellenére sok keresztényt találunk a szigetországban).
A shinto a japán emberek veleszületett hite, a néppel egyidős. Nincs alapítója, szentírása, de még az imádkozás sem gyakori, mert a shinto vallás mélyen a japán emberekben és tradícióikban gyökerezik. A hit „főszereplői” a kamik – ők szent szellemek, akik természeti elemek (a Nap, fák, hegyek, kövek és a szél) formáit vehetik fel, vagy megfoghatatlan dolgokét, mint a termékenység. A nyugati vallásokhoz képest itt nincsen „mindenekfeletti” erő, annak ellenére, hogy a legfontosabb kami a Nap istennője. A shinto nagyon optimista vallás. Alapja, hogy minden ember alapvetően jó, és minden rossz a gonosz szellemeknek köszönhető. A legtöbb rituálé célja, hogy megtisztulással, áldozatok bemutatásával és imádkozással távol tartsák a gonosz szellemeket.
A VI. században jelent meg az országban a buddhizmus. A kezdetekben voltak konfliktusok a két vallás között, de nemsokára harmonikusan élt egymás mellett a két hit, sőt, ki is egészítették egymást. A buddhizmus egy baráti koreai királyságtól került „ajándékként” Japánba. A buddhizmus szerint az élet tele van szenvedéssel az anyagi vágyak, betegségek, halál és szeretteink elvesztése miatt. Aki meg tud szabadulni e vágyaktól és ragaszkodásoktól, elérheti a megvilágosodást, a nirvanát, és megmenekülhet a szenvedéstől és az újraszültéstől (reinkarnáció).
A nemesek üdvözölték az új vallást, míg az egyszerű emberek nem értették a bonyolult teóriákat. A 800-as években két új buddhista szekta alakult (kínai mintára): a Tendai és a Shingon. Ezek később „japánosodtak”, és továbbágaztak. Így jelent meg az 1100-as években a Jodo, vagy a Zen szekta, majd 1253-ban a Lotus Hokke szekta. Az évek során többször próbálták meg shinto hitű vezetők eltörölni vagy elkülöníteni a shinto vallástól a buddhista (különösen a Jodo-) szektákat, de ez nem sikerült.
Manapság több, mint 90 millió japán vallja magát buddhistának, bár ez nem hat ki mindennapi életükre, az átlagos japán ember életében a vallás nem olyan fontos. Legtöbbjük csak a születéseknél, házasságoknál és temetéseknél követi a vallási szokásokat. Több háztartásban is találkozunk kisebb oltárokkal, és a legtöbben megtartják a tradicionális ünnepeket, de már kevesen élnek tudatosan egy-egy hit szerint. Bár a japán mondás szerint „hiába csavarja ki a szél a fát, a gyökér újra kihajt”.