Az erdélyi országgyűlés még apja, II. Rákóczi György életében fejedelemmé választotta. 1660-ban azonban apja halála után a trónt is elveszítette, s ekkor birtokaira vonult vissza. Bekapcsolódott a Wesselényi-féle összeesküvésbe és elvállalta a felkelés fővezérségét. 1670-ben fegyverbe hívta a felvidéki nemességet. Ebben az összeesküvésben ugyancsak részt vett Zrínyi Péter, az ő elfogatása hírére a gróf letette a fegyvert és kegyelmet kért. Az amnesztiát 300 000 forint váltságdíj lefizetése ellenében kapta meg.