Egy hollandiai gazdag kalapos lányaként született, bár később azt terjesztette, hogy egy indiai hercegnő volt az anyja, ő maga pedig templomokban tanulta a táncot. Kispolgári nevelést kapott. 15 évesen viszonyt kezdett iskolaigazgatójával, ezért kitették a tanintézményből. Korán férjhez ment a gyarmati hadsereg egy skót származású tisztjéhez, akivel 1899-ben Indonéziába került. A kapcsolat azonban hamar megromlott: a feleség minden útjába kerülő férfival flörtölt, a részeges és goromba férj pedig verte nejét. A házasság 1902-ben válással ért véget, Margarethe pedig egy huszártiszt szeretőjeként álmai városába, Párizsba került. 1905-ben lépett fel először a Trocadéróban, immár Mata Hariként (a név a Fény Szemét jelenti). Sikere mindent elsöprő volt, nem csak egzotikus szépsége miatt, hanem mert a hétfátyoltáncot rendre teljesen meztelenül fejezte be. Hamarosan általa is táplált legenda szövődött köré, ő maga csillagászati gázsikat követelt és kapott, ajtaja és ágya előtt a politika és az üzlet legnagyobb hatalmasságai álltak sorba. Feltételezések szerint 1908-ban egy berlini fellépésén szervezte be a német titkosszolgálat. Kiképzését egy állítólagos indiai útja alatt kapta, fedőneve a H-21 lett. Kapcsolatai folytán sok értékes adatot szállított, ám felhívta magára az angol titkosszolgálat figyelmét is, akik megfigyelés alá helyezték. 1916-ban, talán mert érezte, hogy szorul a hurok körülötte, váratlanul felajánlotta szolgálatait a francia hírszerzésnek is.
Végül 1917. február 13-án letartóztatták. Megbízói megtagadták, és bár mindvégig tagadott (csak annyit ismert el, hogy néhány elavult információt átadott egy német tisztnek), bűnösnek találták és 1917. október 15-én Vincennes-ban kivégezték. Halála után legendája tovább nőtt, a köztudatban ő lett “a” kémnő. Életéről több film is készült, a legjobb Greta Garbóval. 1997-ben szülővárosában, Hollandia legészakibb és legősibb csöcskében Frízföld fővárosában kiállítás nyílt emlékére.