Tizenegy évvel ezelőtt házasodtak össze, de – állítólag – már hónapok óta külön élnek. Csak a két gyerek – a kilencéves Madelaine West és a hatesztendős Kyd – miatt nem kürtölték eddig világgá a hírt. Amint kiderült a színészpár válásának híre, azonnal szárnyra kaptak különféle mendemondák a házastársak hűtlenségéről.
Duchovnyt a magyar származású teniszedzővel, Edit Pakayval hozták hírbe, míg a feleségét Angelina Jolie volt férjével, Billy Bob Thorntonnal. Az X-akták Mulder ügynöke tagadja a vádat, és máris egymillió dollárra perelte a Daily Mail internetes portálját, ahol napvilágot látott a pletyka. A színész ügyvédje, Larry Stein azt mondta: „Az Edit Pakay és David Duchovny állítólagos viszonyáról szóló híresztelés alaptalan. Ms Pakay személyesen mesélte, hogy ő és ügyfelem csupán barátok, majd hozzátette, a cikk minden állítása hazugság. Soha nem volt szexuális vagy szerelmi kapcsolat köztük.” Az üggyel kapcsolatban megszólaltak az érintettek is. Duchovny cáfolta a pletykát, mondván, Edit soha nem volt az edzője, csak időnként együtt teniszeznek. A huszonnyolc éves lány azonban – állítólag – az újságírónak nem egészen azt mondta, amit Duchovny ügyvédjének. A cikkben Pakay nem cáfolta a szexuális kapcsolatukra vonatkozó megjegyzést, majd hozzátette: „Nem akarom megbántani Davidet. Nem tudom, merre tart a kapcsolatunk.” Tea Leonit azért hozták össze Thorntonnal, mert valahol azt nyilatkozta, hogy jelenleg életében a férfi a „favourite”. Márpedig ez a szó esélyest és kedvencet is jelenthet. Az utóbbira inkább van magyarázat, ugyanis egy filmbemutatón találkoztak először, így lehet, hogy azóta Thornton a kedvenc színésze.