A párhoz közel álló források szerint Katie azért döntött a válás mellett, mert félti lányukat, a hatéves Surit a szcientológiai egyháztól. Az eddig is köztudott volt, hogy Tom számára a szcientológiai egyház és annak tanításai mennyire fontosak, azzal kapcsolatban viszont sok kérdés felmerült, hogy Katie szíve szerint is ezt a vallást választotta volna-e, vagy csak férje nyomására kezdte gyakorolni. A TMZ.com értesülései szerint Katie kötődik ugyan ehhez az egyházhoz, attól viszont félti lányát, hogy olyan alaposan elmélyedjen benne, ahogyan azt Cruise szeretné. Suri életkora mérföldkő anyja szerint az egyházi tanítások követését illetően, és lánya megóvását tartja szem előtt, nem pedig férje pénzére fáj a foga. Többek közt valószínűleg ezért is tűzte ki Katie célul, hogy övé legyen a gyerek kizárólagos felügyeleti joga.
