Több gyógyszertárban is hosszú sorok alakultak ki a mától élesben is működő EESZT és az elektronikus receptek miatt. Az Index összeállítása szerint azokban a patikákban, ahová e-recepttel érkeztek a betegek, megnehezítette a kiszolgálást a rendszer lassúsága, ha épp működött. Volt, aki 40 percet várt, mire ki tudta váltani a gyógyszerét.
A rendszer gyermekbetegségei közé tartozik még a gyógyszertámogatások fel nem ismerése, illetve az 1 recept/perc feltöltési sebesség is, ami egy 15 recepttel érkező páciensnél legalább negyedórás várakozást eredményez. Előfordult az is, hogy az e-személyi igazolványokat olvasó terminál nem működött.
Kiderül azért, hogy a legtöbb helyen, ahol időben elkezdték a felkészülést az átállásra, ott általában nincs nagy fennakadás, csak az új kezelőfelületet kell megszokniuk az orvosoknak, patikusoknak.
Akad persze olyan kórház, ahol hiába követték lépésről lépésre a kiadott fejlesztői dokumentációt, mégsem tudtak csatlakozni az EESZT-hez.