Az antioxidáns funkciót a kakaóbabban nagyobb mértékben előforduló polifenolok adják. Ezek az anyagok valóban hasznosak (koleszterinszint csökkentés, gyökfogó hatás), azonban meglehetősen érzékenyek a vegyi és hőhatásra, márpedig e két utóbbi kezelés előfordul a csokoládé gyártása során. Nehéz elképzelni, hogy a pörkölés, a többlépcsős finomítás és a különböző hőkezelések nem hatástalanítják ezeket az összetevőket.
Mindezek ellenére a kakaóbab magas kiindulási polifenol-tartalmából adódóan előfordulhat, hogy a késztermékben mérhető mennyiségű vegyület marad. Ezután már csak a tárolás során előadódó veszteséget kell levonnunk, és megkapjuk a megvásárolt csokoládéban található mennyiséget. Láthatjuk tehát, hogy ilyen vegyületek esetében nem jelent túl nagy előnyt az ipari feldolgozás és a tárolás. A pozitív hatásokat éppen ezért – érdemes fenntartással kezelni a csokoládé és kakaó esetében. Ha azonban mégis feltételezzük, hogy a csokoládéban aktív polifenolok vannak, ez valóban előnyös tulajdonság.