Fodor János 1981-ben végzett matematikusként az ELTE-n. Kezdetben az ELTE számítóközpontjának operációkutatási osztályán, majd a TTK számítógép-tudományi tanszékén dolgozott. Fodor János 1991-től a matematikai tudomány kandidátusa lett, majd 2004-től az MTA doktora.
1995-től a Gödöllői Agrártudományi Egyetem (GATE) matematika tanszékének egyetemi docense, majd az Állatorvos-tudományi Egyetem biomatematikai és számítástechnikai tanszékének vezetője lett.
2005-től a Budapesti Műszaki Főiskola egyetemi tanára, majd az Óbudai Egyetem Neumann János Informatikai Kar Intelligens Mérnöki Rendszerek Intézetének igazgatója volt. 2014 áprilisa óta volt az Óbudai Egyetem rektora.
Fodor János tizenegy tudományos kötet szerkesztője, számos könyvfejezet, folyóiratcikk, konferencia-előadás és egyéb publikáció szerzője, több tudományos szervezet tagja, illetve vezetője volt.
Tevékenységét számos szakmai kitüntetéssel, tiszteletbeli doktori címmel ismerték el.
