A margarin nagy előnye, hogy nincs benne koleszterin, mivel növényi olajból készül. Egyszeresen és többszörösen telítetlen zsírsavakban is gazdag, amelyek segítenek a „rossz” koleszterin szintjének csökkentésében. A vaj ezzel szemben állati zsiradék, amelyben koleszterin, illetve a koleszterinszintet emelő telített zsírsav is bőven van.
Ám nem minden margarin egyforma – egyes fajtáik akár a vajnál is rosszabbak lehetnek. A keményített növényi zsiradék ugyanis káros transzzsírokat is tartalmazhat, minél keményebb, annál többet. Ezek a zsírsavak szintén növelik a koleszterinszintet és a szívbetegségek kockázatát, ráadásul a szívvédő „jó” koleszterin szintjét is csökkentik. Épp ezért érdemes a margarinok közül a lágy, krémes állagúakat választani.