1914-et írunk – Milo James Thatch, a fiatal térképész és nyelvész arról próbálja meggyőzni munkatársait a múzeumban, hogy tudja, hol található az elsüllyedt Atlantisz. Néhai nagyapja, Thaddeus Thatch mesélt neki arról a rejtélyes, ősi könyvről, melynek segítségével megtalálhatják az elveszett birodalmat. Ám a fiatalembert, akárcsak annak idején nagyapját, mindenki holdkórosnak tartja.
Amikor már végképp lemond arról, hogy valaha is bebizonyíthatja elmélete igazát, meghívja magához Preston B. Whitmore, a különc milliomos, aki expedíciót tervez Atlantisz felkutatására, és Milót szemelte ki az elszánt felfedezőkből és tudósokból álló csapat nyelvész-szakértőjének.
Kida körbevezeti Milót a városban, és együtt fedezik fel, hogy a kristályok élnek, és a város mélyén vannak elrejtve. Mikor Milo megosztja Rourke-val az újságot, rá kell döbbennie, hogy a ravasz parancsnok mindvégig tudott a kristályokról, és az a terve, hogy összegyűjti, és a felszínen eladja őket annak, aki a legtöbbet ajánlja értük. Mivel a legénység nagy része ellenzi a tervet, a parancsnok elrabolja Kidát és a kristályokat, és embereivel együtt elindul a felszín felé. Milo a kristály egy darabkájával életre kelti a régóta alvó atlantiszi armadát, és elszánt küzdelembe kezd, hogy kiszabadítsa Kidát, és megmentse a várost a biztos pusztulástól.