A Pókember történetének középpontjában Peter Parker diák áll, aki, miután megcsípi egy genetikailag manipulált pók, emberfeletti erőre tesz szert, valamint arra tulajdonságra, hogy bármilyen felületet meg tud mászni. Peter Parker fogadalmat tesz, hogy vadonatúj képességét latba vetve harcba száll a bűnözéssel.
Peter Parker szülei már kisgyermek korában meghaltak. Azóta nagynénjével és nagybátyjával, Uncle Bennel és Aunt May-jel lakik Queensben, New Yorkban. Peter a hétköznapi diákok életét éli, többek között az iskolaújságnak készít fotókat, próbálja elnyerni a gyönyörűséges Mary Jane Watson szerelmét, és szabadidejében legjobb barátjával, Harry Osbornnal lóg.
Egy iskolai kiránduláson Peter és osztálytársai éppen a pókfélékről tartanak kiselőadást, mikor Petert megtámadja egy genetikailag manipulált nyolclábú.
Röviddel ezután a fiú felfedezi, hogy kivételes képességek birtokába jutott. Eleinte aprópénzre váltja emberfeletti tehetségét, de egy szerencsétlenség következtében, ami otthonához közel történt, megfogadja, hogy különleges képességét a bűnözés elleni harcra fordítja.
Jelmondatává Uncle Ben szavait választja: emberfeletti erővel emberfeletti felelősségtudatnak kell társulnia.
Időközben Norman Osborn (Willem Dafoe), a megalomániás üzletember, aki mellesleg Peter barátjának, Harrynek az édesapja, bizonyos változtatásokat kíván eszközölni a város életében.
Egy balul végződő kísérlet következtében Norman Osborn intelligenciája és testi ereje hatalmasra nő – de közben a tudata is elhomályosul.
Green Goblinná változik, Pókember ősellenségévé, aki a fiatal Peter Parker bűnözés elleni harcát és azt a célkitűzését, hogy segítsen a rászorulókon, a végsőkig megpróbálja lehetetlenné tenni.
