A probléma szerencsére gyorsan megoldódott: Paul Greengrass, a Véres vasárnap rendezője elvállalta a feladatot. Matt Damon természetesen visszatér a címszerepben, hiszen Jason Bourne figurája csinált belőle akciósztárt. A Bourne Supremacy (a könyv címe: A fantom visszatér) nem sokkal azután veszi fel az események fonalát, ahol az első rész befejeződött. Bourne békésen éldegél egy festői szigeten, ám hirtelen furcsa dolog történik. Hírét veszi, hogy Hongkongban a legendás szupergyilkos, Jason Bourne megölt egy főtisztviselőt. Ezen kissé megütközik, ezért a kikötővárosba siet, hogy maga nézzen utána, mi is történt…
