A filmvilág 1964-ben figyelt fel Jan Nemecre, amikor bemutatták Az éjszaka gyémántjai című, a 2. világháború idején játszódó filmdrámáját. Legjobb és legismertebb alkotása az 1966-ban bemutatott Az ünnepségről és a vendégekről című filmje, amely a korabeli csehszlovák szocialista társadalom egyik legélesebb művészi kritikája. A Film and Filming című angol szakfolyóirat 1969-ben ezért a filmért Nemecet a világ legjobb rendezőinek sorába iktatta.
Jan Nemec legnagyobb sikerét azonban az 1968-ban bemutatott Oratórium Prágáért című dokumentumfilmjével aratta, amely Csehszlovákia 1968 augusztus 21-i megszállását örökítette meg. A szovjet vezetésű Varsói Szerződés öt tagállama hadseregei – köztük a magyar – a bevonulása Csehszlovákiába véget vetett a “prágai tavasz” néven ismert reformfolyamatnak.
“Ez volt a legsikeresebb filmem, az egész világon több mint egymilliárd ember látta” – jelentette ki egy korábbi interjúban Jan Nemec.
A prágai tavasz eltiprása után Nemec már nem filmezhetett, egy ideig a televízióban dolgozott, majd 1974-ben Nyugatra távozott. Előbb Németországban, majd az Egyesült Államokban élt, hazájába az 1989-es rendszerváltás után tért csak vissza.
