A botanikus kert mai területén már az 1200-as években birtokot létesítettek, melyet a 16. században vásárolt meg a tehetős Tremayne família. 1602-ben felépíttették családi rezidenciájukat, a Heligan House-t, a 200 hektáros birtokot pedig parkosították. Az évtizedek folyamán a birtok apáról fiúra szállt és az újabb és újabb generációk különös figyelmet fordítottak Heligan kertjeinek fejlesztésére, melyeket főállású kertészek gondoztak.
A 18. század végétől a Tremayne-ék a klasszikus angol kertek mellett más stílusú kerteket is létesítettek. Ekkoriban jött létre az olasz kert, illetve a világ távoli tájairól hozatott, egzotikus növényekkel teli dzsungelkert, de Európában itt termesztettek először ananászt is, méghozzá speciális, üveggel fedett árkokban.
Az első világháború azonban a Heligan-birtokon is hatalmas pusztítást okozott. A személyzetet besorozták és többségük nem tért vissza a harcokból. 1916-ra már csak néhányan maradtak, akik gondozták a kertet. Az 1920-as években az akkori tulajdonos, Jack Tremayne úgy döntött, hogy Olaszországba költözik, ezért bérbe adta Heligant.
A második világháború alatt az udvarházat kórházzá alakították, majd az amerikai csapatok használták bázisként, a kertek pedig gondozás hiányában teljesen lepusztultak. Az udvarházban az 1970-es évekre bérlakásokat alakítottak ki. Jack Tremayne időközben gyermektelenül halt meg, ezért a Heligan-birtok a család távolabbi rokonaira szállt. Ekkorra azonban már szinte senki sem emlékezett az egykor pazar kertek létezésére.
1990. január 25–26-án aztán heves szélvihar tombolt Északnyugat-Európa felett. A törmelékek eltakarítása során fedezték fel újra Heligan kertjeinek falait. A Tremayne család egyik távoli leszármazottja, John Willis és Tim Smit brit üzletember ekkor összefogtak, hogy régi pompájában állítsák helyre az évtizedekre elveszett kertet – mely a mai elnevezését is innen kapta. A munkálatokról a brit Channel 4 hatrészes televíziós sorozatot készített.
Heligan elveszett kertjeit ma is a felújításokat végző cég bérli, mely továbbra is műveli és turistalátványosságként üzemelteti a szó szoros értelmében véve mesés birtokot.