Nyolc éve Czeizel Endre úgy hunyt el, hogy a családját teljes anyagi biztonságban tudta, hiszen a végrendeletében ő maga gondoskodott róluk. Hogy ki mit örökölt, Czeizel Gábor nem tudja. Egy biztos: ő és az édestestvérei csak adósságot. Minderről a BEST magazinnak adott interjúban beszélt.
„Miután apám beteg lett, megírta a végrendeletét, mondogatta, ne aggódjunk, mindent elrendezett. A halála után nyoma veszett a végrendeletnek, mi a két testvéremmel, Barbarával és Balázzsal az égvilágon semmit nem örököltünk, hacsak nem a 12 millió forintos adósságát” – árulta el a világhírű orvos-genetikus legidősebb fia.
Czeizel Gábor elmondása szerint az apjának hivatalosan egyetlen fillérje nem volt, sőt vagyona, ingóságai sem: „Amit biztosan tudok, volt egy régi parasztházunk Dörgicsén, még apu építette újjá, de ez sem lett a miénk. A felesége lányával apámnak volt egy közös cége, a nyaraló a cég nevére került, (…) a cég tulajdonát nem lehet örökölni. (…) Állítólag a felesége lányának tartozott, láttam is erről egy papírt apám aláírásával, de meggyőződésem, a betegsége alatt, amikor már alig kommunikált, egy üres papírt aláírattak vele, és ezt utólag töltötték ki.”
Czeizel Endrének a több mint 40 évvel fiatalabb szerelmétől két gyereke született, ám az ő örökségük rendben van. „A kicsik sorsát elrendezte, a Czeizel-vitamin joga az övék. Apám halála után a gyerekek édesanyja megszakított velem minden kapcsolatot, nem engedi, hogy beszéljek velük. (…) Bár a halála után szétesett a nagy Czeizel család, mi, hárman Barbara húgommal és Balázs öcsémmel összetartunk”.