Jonathan Lipnicki 1996-ban, alig 6 évesen debütált a filmvásznon, méghozzá a Jerry Maguire – A nagy hátraarc című filmben, melyben Renée Zellweger karakterének kisfiát alakította. A szerepnek köszönhetően azonnal a korszak egyik legismertebb gyereksztárja lett. Több tévésorozatban is felbukkant, majd 1999-ben a Stuart Little kisegérben, illetve a film három évvel később készült folytatásában is eljátszotta George Little szerepét, olyan színészek oldalán, mint Hugh Laurie és Geena Davis.
Az ezt követő években főképp sorozatok epizódszerepeiben volt látható, illetve javarészt független filmekben szerepelt. Gyerekkori sikereit egyelőre nem tudta megismételni, pláne felülmúlni, azonban a mai napig is rendszeresen forgat, valamint színpadi produkciókban is játszik. Nemrégiben interjút adott a /Film magazinnak, melyben elmondta, annak idején nem a szülei terelgették a színjátszás felé és a filmezést sem erőltették rá. „Mindig az én választásom volt. A szüleim minden projekt után megkérdezték, hogy szeretném-e folytatni. És a válasz mindig igen volt” – szögezte le.
Lipnicki arról is beszélt, a gyerekkori sikerei után miért tűnt el a nagy nyilvánosság elől.
„Egy ideig nem igazán kaptam szerepet. Őszintén megmondom, ez azért volt, mert egy ponton nem voltam túl jó színész. Az a nagyszerű a gyerekben, hogy egy kedves, ártatlan csoda. Ezért tűnik sok gyerek nagyon tehetségesnek. Aztán ahogy idősebb leszel, bejönnek más szempontok, másként tekintesz a világra és ettől feszültté válsz. Ahelyett, hogy természetesen játszottam volna, a kedvenc színészeimhez akartam hasonlítani.”
Mivel a színjátszás komolyan érdekelte, a középiskola elvégzése után beiratkozott egy színiiskolába. „És ez volt az a pont, ahol valóban új szintre emelkedtem a tanulásnak köszönhetően. Tényleg nagyon beleástam magam. Gyerekkoromban sosem foglalkoztam színházzal, ekkor azonban elkezdtem azzal foglalkozni. Mindig is szerettem, de egy új típusú szerelmet találtam benne. És szerintem tényleg ez a világ legnagyszerűbb munkája, amikor örömet szerezhetsz a játékoddal.”
Lipnicki úgy érzi, bár a múltját nem tagadja le, elsősorban a jelenben szeret élni. Imádja a munkáját és úgy érzi, felnőtt színészként sokkal többet tud nyújtani, mint gyereksztárként tudott.
„Végső soron színész vagyok. Meghallgatásokra járok. Nem tudom, merre tartanak a dolgok. Megmondom őszintén, nincs irányításom efelett. Szóval eljárok meghallgatásokra. Vígjáték, dráma, bármi legyen is az, érdekel, nem mintha most igazán lenne választási lehetőségem.”